YIT Ehitus -yhtiön edeltäjä aloitti toimintansa Virossa vuonna 1991, toimien vuosien varrella toiminimillä FCM ja FKSM. Vuonna 2001 yhtiön osake-enemmistö siirtyi Suomen suurimman rakennuskonserni YIT:n omistukseen. Tästä syystä helmikuussa 2005 yrityksen nimeksi tuli YIT Ehitus.
Lemminkäinen Eestin edeltäjä Talter perustettiin vuonna 1991. Lemminkäinen Eesti AS aloitti toimintansa 1992. Rakennuskonserni Lemminkäinen tuli Talterin suuromistaja vuonna 2004, ja vuonna 2009 yritys otti nimekseen Lemminkäinen Eesti AS.
2017 suomalaiset rakennuskonsernit YIT ja Lemminkäinen päättivät fuusioitua. Yli satavuotiaat perinteikkäät rakennusyritykset yhtyivät uudeksi YIT:ksi helmikuun alussa 2018. Samassa yhteydessä virolainen YIT Ehitus muutti nimensä YIT Eestiksi, ja Viron Lemminkäisestä tuli YIT Infra Eesti.
25.1.2019 lähtien YIT Eesti ja YIT Infra Eesti ovat jatkaneet liiketoimintaa yhteisen toiminimen alla AS YIT Eestinä, jonka y-tunnus on 10093801.
1.4.2021 aloittaa toimintansa OÜ YIT Teed (rekisteritunnus 16196755), joka harjoittaa asfalttibetonin tuotantoa, levitystä, jyrsintää ja stabilointia sekä kehitystoimintaa (laboratorio), kaivostöitä (avolouhokset ja kiviaineksen tuotanto), merkintätöitä, liikennemerkkien valmistusta ja asentamista sekä tilapäistä liikenteenohjausta ja räjäytystöitä. AS YIT Eesti jatkaa omaa liiketoimintaansa rakentamisen ja kiinteistökehityksen alalla samalla toiminimellä. Myös sen rekisteritunnus ja muut tunnistetiedot pysyvät samoina.